Datenbankrecherche

Inhalte & Lernziele

In der biowissenschaftlichen Forschung führt die Anwendung von molekularbiologischen Arbeitsmethoden zu einer solchen Datenmenge, dass eine computergestützte Aufarbeitung der Daten zur Routine geworden ist. Um ein Wiederauffinden und eine effiziente Auswertung der Daten zu gewährleisten, sind viele Datenbanken, Suchmasken und Sequenzanalyse-Programme entwickelt worden, die u.a. über das world wide web zur Verfügung stehen. Detailkenntnisse über die Suchmasken sind für das effiziente Arbeiten mit diesen tools unerlässlich. Der Schwerpunkt in diesem Kurs liegt auf den Datenbanken und tools, die über die Webseiten des National Center for Biotechnology Information (NCBI) zur Verfügung stehen. Die Suchmaske für Textsuche (Entrez, PubMed), sowie die Suchparameter für eine Sequenzähnlichkeitssuche (BLAST) werden im Detail diskutiert und trainiert. Des weiteren werden Webseiten für Datenbanksammlungen und Sequenzanalyse-Programme vorgestellt, sowie workflows für bioinformatische Analysen aufgezeigt. Gleichzeitig bietet der Kurs die Möglichkeit, offene Fragen aus dem eigenen Anwendungsbereich zu diskutieren und Lösungswege zu finden.

Themen des Kurses sind unter anderem:

• NCBI Datenbanken und deren Tools
• Sequenzähnlichkeitssuche (BLAST)
• Sequence alignments
• Umgang mit dem Genombrowser und dem MapViewer

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit biologischem, biotechnologischem oder Informatik-Hintergrund, die sich einen Überblick verschaffen wollen und Hilfestellung bei der Recherche in Bioinformatikdatenbanken erwarten. Die Kursteilnehmer sollten mit den grundlegenden molekularen und genetischen Konzepten und ihrer Terminologie vertraut sein, sowie den Umgang mit Web-Browsern beherrschen.

Dozent

Dr. Nicola Gaedeke absolvierte eine Ausbildung zur MTA in Hamburg, ein Studium der Biologie an der Georg-August-Universität Göttingen und promovierte am MPI für molekulare Pflanzenphysiologie in Golm bei Potsdam. In den Jahren darauf etablierte sie als Fakultätsmitglied an der University of Utah, Salt Lake City, einen Bioinformatic User Support Service und hat in enger Zusammenarbeit mit dem NCBI Kurse für ''Bioinformatics Information Specialists'' in den USA entwickelt. 2003 gründete Sie BioTools.info in Berlin und bietet Consulting und Fortbildungen im Bereich Datenbankrechere an.