DNA Sequenzierung Labor-Kurs

Inhalte & Lernziele

Im Zeitalter der individuellen Genomprojekte und Mega-Sequenziercenter ist es wichtig zu wissen, was Sie selbst sequenzieren können, was Sie außer Haus geben müssen, was Routine ist und was mehr Sorgfalt erfordert , die Sie selbst kontrollieren möchten. Dieser Kurs stellt Ihnen die historische Entwicklung des DNA-Sequenzierens dar, erläutert die Möglichkeiten moderner HTS-Sequenziercenter, sowie der Next Generation Sequencer (NGS). Er bereitet Sie vor, eine eigene Sequenziereinheit aufzubauen bzw. anfallende Probleme mit schwierigen Sequenzierproben zu bewältigen. Die Inhalte konzentrieren sich auf die Sequenzierung von Plasmiden und PCR-Produkten. Sie bearbeiten den gesamten Prozess von der template-Präparation bis zur Auswertung der Sequenzen mit gängigen Softwarepaketen und Internet-Datenbanken.

Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:

• Grundlagen der PCR und DNA-Sequenzierung
• Geräte-Übersicht, Next Generation Sequencer
• Präparation und Reinigung des Sequenzier-template und Probenversand
• Tricks und Tipps zum Sequenzieren schwieriger templates
• Auswertung der Rohdaten, Analyse einfacher Elektropherogramme und Sequenzen aus gemischten klinischen Proben (ripseq)

Der Praxisteil umfasst:

• Primer removal und Mengenbestimmung der template-Menge
• Isolation eines DNA-Fragmentes aus dem Gel (Agarose-Gel)
• Sequenzierungsreaktion: PCR-Produkt und Fragment (BandPick^TM-System)
• Bedienung eines Kapillar-Sequenzierers am Beispiel des CEQ 8000
• Auswertung mit den Programmen Chromas, TraceEditPro und ripseq

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit Grundkenntnissen in der Molekularbiologie.

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik Deutschland in Homburg/Saar, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.