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Next Generation Sequencing & Library Preparation

Inhalte & Lernziele

Next Generation Sequencing (NGS) ist eine Hochdurchsatz-Sequenziermethode, die die Sequenzierung ganzer Genome bei überschaubarem Zeit- und Kostenaufwand erlaubt.

Der Kurs gibt einen detaillierten Überblick über die heute verfügbaren NGS-Plattformen und -Anwendungsgebiete und geht insbesondere auf die Bedeutung der NGS Bibliotheken ein. Im Praxisteil werden Sie selbst eine NGS Bibliothek herstellen, amplifizieren und mittels Real Time PCR quantifizieren

Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:

  • Von der Sanger-Sequenzierung zum Next Generation Sequencing
  • NGS-Plattformen
  •  Anwendungsgebiete
  • Adapter-Typen, Indexing, Emulsions-PCR und Bridge-PCR
  • Bias-Problematik
  • Pyrosequencing, Sequencing by Synthesis, Sequencing by Ligation
  • Genomische und Paired End Libraries
  • Flussdiagramm zur Library Preparation

Der Praxisteil umfasst:

  • Präparation gescherter DNA-Fragmente mittels Nebulizer
  • Library Preparation und -Amplifikation
  • Methoden der Größenfraktionierung
  • Quantifizierung mittels Real Time PCR

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen mit Grundkenntnissen in der Molekular-biologie.

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik Deutschland in Homburg/Saar, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.