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PCR- und Primer-Design

Inhalte & Lernziele

Die Anwendung der PCR in modernen Laboren ist äußerst vielseitig und reicht von der regulären PCR über Multiplex-PCR-Methoden, long-PCR und Real Time PCR bis zu komplexen Genexpressionsstudien. Die richtige Planung der PCR sowie die Auswahl der geeigneten Zielsequenzen für die Primer entscheidet dabei oft über Erfolg und Misserfolg der PCR.

Dieser Kurs gibt Ihnen eine Anleitung, wie Sie Ihre PCR optimal planen und durchführen.  

  • Einführung in PCR und Real Time PCR
  • Planung der PCR und Real Time PCR
  • Oligosynthese, LNA-Oligos, Basen-Analoga, Additive und Puffer
  • Datenbank-Recherche nach Zielsequenzen
  • Strategien für das Primer Design
  • Primer-Design-Programme
  • Überprüfung der Primer-Spezifität mit: BLAST, BLAT und in-silico-PCR
  • ClustalX, Bioedit, Primer3, MultiPLX2.0 und FASTPCR

Im praktischen Teil arbeiten Sie mit BLAST, Genbank, dokumentieren mittels pDRAW32, ordnen die Sequenzen mit ClustalX an und designen Primer mittels Primer3 oder FASTPCR.
Als Übungsbeispiele designen wir Primer-Sets für eine Genotypisierungs-Aufgabe, eine Multiplex-PCR für ein Deletionsscreening und eine Multiplex-qPCR (4 Sonden-System). Gerne können Sie Ihre eigene Fragestellung mit einbringen und bearbeiten.

 

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen mit Grundkenntnissen in der Molekularbiologie und PCR.

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie in Freiburg über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Jahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Seminare und Workshops zu PCR-Themen durch.

 

 

Empfohlene Aufbaukurse

PCR Basiskurs, Real Time PCR Basiskurs, Multiplex PCR Labor-Kurs, Molekularbiologie Trouble Shooting