PCR- und Primer-Design

Inhalte & Lernziele

Unter PCR-Design versteht man alle Methoden, die die Spezifität und Sensitivität einer PCR beeinflussen. Im Wesentlichen sind dies die Auswahl und Dokumentation der Zielsequenzen und das Primer-Design. Die Anwendungen der PCR sind in modernen Laboren äußerst vielfältig und reichen von einfachen PCR-Nachweisen über die Material-Gewinnung für Sequenzierungen oder Klonierungen bis hin zu gruppen-spezifischen PCR, Multiplex-PCR-Methoden, long-PCR oder real-time RT-PCR zum Studium der Genexpression. Nach einer Einführung in Sequenzformate, in die Dokumentation von Sequenzen in Datenbanken und in die Strategien unterschiedlicher Primer-Design-Programme, werden Sie an einem Beispiel-Projekt die Vorgehensweise erarbeiten. Sie suchen nach Zielsequenzen, alignen diese für eine spezies-spezifische PCR, stellen die Exon-Intron-Struktur für eine RT-PCR-Analyse zusammen und überprüfen Amplikone und Primer mittels BLAST- und BLAT-Programmen, um die Spezifität der Primer zu überprüfen. Das Ergebnis wird eine ausführliche Dokumentation eines PCR- und Primer-Designs sein. Im zweiten Teil beschäftigen Sie sich intensiv mit Programmen wie ClustalX, Bioedit, Primer3, MultiPLX2.0 und FASTPCR.

Dabei werden Sie eine Reihe von Aufgabenstellungen lösen wie z.B.:

• Spezies- oder gruppen-spezifisches Primer-Design
• Multiplex-PCR für DNA-Fingerprint-Aufgaben
• Multiplex-PCR in Expressionsstudien mit Sonden-Design
• Spezialfälle wie miRNA und die Verwendung von LNA-Primern

Für den zweiten Teil des Kurses kann auf dem eigenen Notebook gearbeitet werden.

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter mit Grundkenntnissen in der Molekularbiologie und PCR.

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Frühjahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Schwerpunktseminare und Workshops zu PCR-Themen durch.