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Next Generation Sequencing & Library Preparation

Inhalte & Lernziele

Next Generation Sequencing (NGS) ist eine Hochdurchsatz-Sequenziermethode, die die Sequenzierung ganzer Genome,  alle Amplikone eines PCR-Ansatzes, alle Exone einer Person, große exon-reiche Gene eines Patienten, Multiplex-Panel oder die vollständige RNA einer Zelle analysiert werden können. Es sind unzählige Ansätze möglich, die früher aufgrund des notwendigen hohen Sequenzierbedarfs nicht bezahlbar waren.

Der Kurs gibt einen detaillierten Überblick über die heute verfügbaren NGS-Plattformen und -Anwendungsgebiete und geht insbesondere auf die Bedeutung der NGS Bibliotheken ein. Im Praxisteil werden Sie selbst eine NGS Bibliothek herstellen, amplifizieren und mittels Real Time PCR quantifizieren

Im theoretischen Teil werden u.a. folgende Themen behandelt:

  • Von der Sanger-Sequenzierung zum Next Generation Sequencing
  • Übersicht und Vergleich von NGS-Plattformen
  •  Anwendungsgebiete und Libraries
  • Adapter-Typen, Indexing, Emulsions-PCR und Bridge-PCR, Genomische, Amplikon- und Paired End Libraries etc.
  • Methodische Grundlagen: Pyrosequencing, Sequencing by Synthesis, Sequencing by Ligation
  • Auswertesoftware
  • Trouble Shooting: Bias-Problematik

Der Praxisteil umfasst:

  • Flussdiagramm zur Library Preparation
  • Präparation gescherter DNA-Fragmente
  • Library Preparation und -Amplifikation
  • Methoden der Größenfraktionierung
  • Quantifizierung mittels Real Time PCR

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen mit Grundkenntnissen in der Molekular-biologie.

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Er promovierte am Institut für Humangenetik und Anthropologie in Freiburg über “Vergleichende Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach Forschungsaufenthalten in Osaka/Japan, Freiburg und Berlin gründete er im Jahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken, das sich hauptsächlich mit der Analyse von DNA verschiedener Spezies beschäftigt. Seit 2002 führt er Seminare und Workshops zu PCR-Themen durch.